kubou 参考にさせてもらった記事
http://k2.kentaniram.com/?cat=18
原因
eclipse->設定->ファイルの関連付けの部分で「*.php」を確認してみると、
エディタがロックされていることがわかります。
なので、そのロックを解除すれば常に外部エディタでphpファイルが開けるようになると。
対応策
ロック解除のため、以下のファイルを展開します。
/Applications/eclipse_juno/dropins/PDT/eclipse/plugins/org.eclipse.php.core_3.1.1.201209101312.jar
このファイルを適当な場所にコピーして展開。
jar xf org.eclipse.php.core_3.1.1.201209101312.jar
展開するといくつかのディレクトリと「plugin.xml」というファイルができます。
そいつをエディタで開いて49行目付近に以下の記述があります。
<!-- PHP Content Type declaration -->
その中の”file-extensions”からphpの記述を消してしまいましょう。
そしたら同名で再度jarにします。（この作業ディレクトリをjarにする）
jar cfM org.eclipse.php.core_3.1.1.201209101312.jar ./
生成されたjarファイルを元のeclipse内に上書きコピー。
あとはeclipseを-cleanを付けて再起動するのみ。
/Applications/eclipse_juno/Eclipse.app/Contents/MacOS/eclipse -clean
「*.php」ファイルのロックが解除されているので、好きな外部エディタをデフォルト設定にしましょう！